El manejo de los datos en base a archivos presenta limitaciones muy importantes, para el desarrollo rápido y eficiente de los mismos, así como en su operación. La operación de estos sistemas ofreció (y ofrece aún) limitaciones que provocan problemas en su implantación:
- La separación y aislamiento de los datos y los programas
 - Cada programa mantiene su propio conjunto de datos a mantener y a utilizar. Esto provoca la creación de “islas”, donde los datos se manejan aislados, limitados en el uso a los sistemas que los definieron.
 - Los usuarios de un programa pueden no estar concientes de que los datos que usan en su programa, pudieran estar repetidos y estar siendo usados en otros programas.
 - La duplicación de datos.
 - Los mismos datos se utilizan en diferentes programas.
 - Desperdicio del espacio de almacenamiento, y más importante aún, el poder consultar diferentes valores para el mismo dato, al estar este dato duplicado en diferentes programas, sin un control para su acceso.
 - Dependencia de datos
 - La estructura de los datos/archivos es definida de acuerdo a cada programa, por lo que si los programas se definen en diferentes lenguajes de programación, y por lo tanto en diferentes formatos, su integración es muy difícil.
 - Formatos de datos/archivos incompatibles
 - Los programas escritos en diferentes lenguajes no permiten el acceso a datos almacenados en formatos diferentes al lenguaje de un lenguaje particular.
 - La generación sin control de programas de aplicación y de programas de consultas
 - Los programas están escritos para satisfacer las funciones particulares de un programa, sin saber si existe un programa equivalente en otro sistema.
 - Cualquier nuevo requerimiento de un usuario, requiere del desarrollo de un nuevo programa.
 

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